1. Una manera sencilla de habilitar todos los pines del Arduino tanto de entrada como de salida es utilizar el Pduino y Firmata firmware.
Flossmanuals.net explica la instalación de Firmata y el patch Pduino paso a paso http://en.flossmanuals.net/pure-data/sensors/starting-pduino/
En la página web de Arduino es posible encontrar los archivos de Pduino y el Firmata.
http://playground.arduino.cc/Interfacing/PD
Sin embargo alguna vez puede ser muy inestable y no puedes programar tu arduino para hacer parte de la operación.
2. En ese mismo link pues encontrar links a los archivos de Arduino2PD que hace uso de la librería Simple Message System para enviar mensajes ASCII a Pure Data.
3. Sin embargo para tener una comunicación sencilla y estable cuando solo estás usando pins de salida o de entrada, personalmente recomiendo establecer comunicación con el puerto serial. Estos son algunos links que te guían por el proceso.
Bidireccional usando el puerto serial
4. Algunos otros desarrolladores han trabajo en sistemas de mensajes sencillos para quienes están nuevos en esto. Como el siguiente http://www.lourensrozema.nl/index.php/arduino_puredata.inc