1. Una manera sencilla de habilitar todos los pines del Arduino tanto de entrada como de salida es utilizar el Pduino y Firmata firmware.

Flossmanuals.net explica la instalación de Firmata y el patch Pduino paso a paso http://en.flossmanuals.net/pure-data/sensors/starting-pduino/

En la página web de Arduino es posible encontrar los archivos de Pduino y el Firmata.

http://playground.arduino.cc/Interfacing/PD

Sin embargo alguna vez puede ser muy inestable y no puedes programar tu arduino para hacer parte de la operación.

2. En ese mismo link pues encontrar links a  los archivos de Arduino2PD que hace uso de la librería Simple Message System para enviar mensajes ASCII a Pure Data.

3. Sin embargo para tener una comunicación sencilla y estable cuando solo estás usando pins de salida o de entrada,  personalmente recomiendo establecer comunicación con el puerto serial. Estos son algunos links que te guían por el proceso.

http://fabacademy.org/archives/content/tutorials/12_Interface_and_Application_Programming/PD_to_Arduino_Over_Serial.html

Bidireccional usando el puerto serial

http://modular-muse.com/?p=49

4. Algunos otros desarrolladores han trabajo en sistemas de mensajes sencillos para quienes están nuevos en esto. Como el siguiente http://www.lourensrozema.nl/index.php/arduino_puredata.inc